Dans le cadre d'une étude menée à l'université Standford, oui, des échantillons de celle de patients ont été examinées avant, et après un traitement aux antibiotiques. Si 5600 espèces ou souches bactériennes différentes ont été identifiées avant le début du traitement, il n'en restait que les deux tiers après le traitement.
La flore intestinale de la plupart des patients ne se régénérer en grande partie au bout d'un mois environ, mais un rétablissement complet de la diversité bactérienne n'est même pas atteint après un délai de 6 mois, selon une communication des scientifiques du magazine PLoS Biology, disponible sur le net. Il est indéniable que la prise à long terme d'antibiotique peut avoir de graves conséquences dans la durée.